Впервые приведены результаты изучения афиллофороидных грибов планируемой к созданию ООПТ «Среднее течение реки Шуя», расположенной в южной части Республики Карелия. Леса представлены преимущественно ельниками и смешанными елово-сосновыми, елово-лиственными древостоями возрастом 90-160 лет. В результате исследований, проведенных в 2021 г., выявлено 133 вида макромицетов данной группы. Для биогеографической провинции Karelia onegensis Karelia olonetsensis (Kol) отмечено 10 новых видов (Athelia epiphylla, Byssomerulius albostramineus, Ceriporia reticulata, Gloeocystidiellum porosum, Kurtia argillacea, Mucronella calva, Phlebia cretacea, P. lilascens, Tomentella coerulea, T. lapida). На обследованной территории найдены новые местонахождения 3 видов афиллофороидных грибов (Diplomitoporus crustulinus, Lentaria afflata и Tomentella crinalis) а также агарикоидного гриба Stropharia aeruginosa, занесенных в Красную книгу Республики Карелия (2020), 13 индикаторных и 7 специализированных видов для высоковозрастных (старовозрастных) лесов с минимальной антропогенной нарушенностью. Приведены сведения о местообитаниях, субстратной приуроченности и встречаемости на ООПТ. На древесине хвойных пород выявлено 73 вида, на лиственных – 69. Большинство видов отмечены на ели – 70 видов, на осине ― 47, на березе – 32, на сосне – 25. Образцы хранятся в гербарии КарНЦ РАН (PTZ). Полученные сведения могут быть использованы для обоснования планируемой ООПТ и являются основой для последующих микологических исследований.