Приведены результаты исследований двух малых озер, расположенных в Западной и Южной части Республики Карелия (оз. Суккозеро и оз. Кедрозеро). Проанализированы гидрологические, гидрохимические показатели. Водоемы имеют ледниковое происхождение и принадлежат к бассейну Онежского озера. Водосборная площадь озер слабо заселена, нет крупных промышленных предприятий, рыбоводных ферм и др. По шкале трофности их можно отнести к β–олиготрофным водоемам. В оз. Кедрозеро отдельные губы и участки приобретают мезотрофные черты. Впервые подробно представлены гидробиологические данные, включая рыбное население озер. Изучен видовой состав рыб, линейно – весовой рост и питание, преобладающих видов. Рыбное население оз. Суккозеро представлено 10 видами рыб, оз. Кедрозеро – 14. Наибольшую численность составляют корюшка, окунь, плотва и лещ. К ценным рыбам относятся лосось, кумжа, сиг и ряпушка, из которых два первых вида включены в Красную книгу Карелии. Более высокий темп роста рыб характерен для оз. Кедрозеро, что связано с более богатой кормовой базой. Сравнительный анализ данных показывает, что исследуемые водоемы на протяжении длительного времени находятся практически в неизменном состоянии, что очень редко для настоящего времени не только для региона, но и для России в целом. Водоемы могут служить как эталонные для оценки состояния водных экосистем, при значительно усиливающемся антропогенном воздействии. Малые озера, в связи с отсутствием промышленного лова, являются перспективными для любительского, спортивного рыболовства и развития туризма.