Конференция была организована национальным парком «Водлозерский», Институтами биологии и леса Карельского научного центра РАН, при участии Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации, Отделения биологических наук РАН, Института проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН, Института экологических проблем Севера УрО РАН.
Это научное мероприятие стало продолжением ряда конференций, традиционно проводящихся в юбилейные годы национального парка «Водлозерский»: «Водлозерские чтения: естественные и гуманитарные основы природоохранной, научной и просветительской деятельности на охраняемых природных территориях Русского Севера» (27-28 апреля 2006 года, 50 докладов) и «Особо охраняемые природные территории в XXI веке: современное состояние и перспективы развития» (1-3 июня 2011 года, 68 докладов). На конференции, посвященной 25-летию НП «Водлозерский», было в общей сложности заслушано и обсуждено более 100 докладов, в том числе 15 пленарных докладов, посвященных организации научных исследований в заповедниках и национальных парках, проблемам оценки значимости ООПТ для сохранения биоразнообразия и природных комплексов, результатам научных исследований и экологического мониторинга на охраняемых природных территориях. На четырех секциях, проходивших параллельно в течение трех дней, представлено и обсуждено 82 доклада.